Eigentlich ist folgendes Vorgehen kein Entfernen einzelner Audiospuren, sondern ein erneutes Abspeichern des Videos, wobei nur ausgewählte Audiospuren exportiert werden.

Schritt 1: ermitteln, welche Streams in der Videodatei enthalten sind

ffmpeg -i <inputfile>

Schritt 2:

ffmpeg -i <inputfile> -map 0:0 -map 0:2 -acodec copy -vcodec copy <outputfile>